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Coronavirus, il 90% dei campioni sequenziati in Bergamasca sono variante Omicron

La variante Omicron risulta prevalente al 90% secondo i dati emersi dall’ultima flash survey condotta dall’Istituto di Ricerche Farmacologiche Mario Negri e ASST Bergamo Est nell’ambito della partnership in essere tra i due istituti.
13 Gennaio 2022

La variante Omicron risulta prevalente al 90% secondo i dati emersi dall’ultima flash survey condotta dall’Istituto di Ricerche Farmacologiche Mario Negri e ASST Bergamo Est nell’ambito della partnership in essere tra i due istituti. Il dato è emerso a fronte del sequenziamento di un campione di tamponi positivi raccolti il 3 gennaio da ASST Bergamo Est: su 435 test positivi è stato selezionato random, ovvero in modo completamente casuale, un gruppo di 30 test da analizzare nei laboratori del Centro “Aldo e Cele Daccò” dell’Istituto Mario Negri. Dalle analisi di sequenziamento è emerso che 27 positività sono date dalla variante Omicron e 3 da Delta.

L’obiettivo della partnership, iniziata a Maggio 2021, era avviare un percorso di collaborazione applicabile ai diversi ambiti di ricerca scientifica di comune interesse che prevedeva per l’Istituto Mario Negri di beneficiare del supporto logistico e organizzativo delle strutture ospedaliere dell’ASST Bergamo Est e per la stessa Azienda Socio Sanitaria Territoriale di avvalersi del supporto metodologico e scientifico sviluppato dai ricercatori dell’Istituto Mario Negri.

Nell’ambito di questa collaborazione sono stati attivati progetti di ricerca programmati e condotti in partnership, che hanno permesso di condividere le rispettive competenze, casistiche e risorse professionali e scientifiche con l’obiettivo in sinergia di valorizzare le specificità e le differenti caratteristiche delle due organizzazioni. Il progetto prioritario che ha visto coinvolto le due strutture si inserisce nelle attuali esigenze in termini di contrasto alla pandemia e si focalizza sul “Sequenziamento di SARS CoV-2”.

Il laboratorio di Calcinate, afferente al Servizio di Medicina di Laboratorio dell’ASST Bergamo Est, diretto dalla dott.ssa Anna Paola Callegaro è sede della linea di 15 macchine processa tamponi, frutto di tecnologie altamente sofisticate insieme a processi di digitalizzazione innovativi, si inserisce nel progetto Innovativo reso possibile grazie al Distretto Rotary 2042, Porsche Consulting e Multiply Labs (una start up di giovani bergamaschi con sede negli USA) e in accordo con la ATS di Bergamo.

“Nel corso del 2021 sono stati processati più di 155.000 tamponi e una parte a campione di quelli risultati positivi è stata trasmessa all’Istituto Mario Negri per il sequenziamento di SARS CoV-2. Sequenziare un virus vuol dire isolare il materiale genetico, leggerne le istruzioni in laboratorio, ossia come si susseguono i nucleotidi, molecole organiche che compongono gli acidi nucleici Dna e Rna. Così si determina l'ordine con cui queste lettere si susseguono nel libro di istruzioni del virus. Quando ci troviamo di fronte a differenze significa che siamo in presenza di una variante. La collaborazione in atto è quanto mai fondamentale alla luce della necessità d’intensificare l’attività di sequenziamento per monitorare le caratteristiche genetiche del Covid, intercettando quindi nuove forme del virus.”

Dopo aver ricevuto i tamponi, il laboratorio di Calcinate procede all’analisi molecolare degli stessi estraendo i campioni di RNA. Tali campioni vengono processati presso i laboratori del Centro di Ricerche Cliniche per le Malattie Rare “Aldo e Cele Daccò” dell’Istituto Mario Negri che vanta una documentata esperienza nelle tecniche di sequenziamento del DNA, da quelle tradizionali come il metodo Sangeral sequenziamento di nuova generazione, in grado di identificare dai campioni se il paziente si è infettato con un virus mutato che corrisponde a varianti note, come la Delta B.1.617 o la Omicron B.1.1.529 ed altre sottovarianti o a varianti nuove che dovessero emergere.

“I dati finora in nostro possesso, non ancora sufficienti per avere un quadro completo della situazione, mostrano che la variante Omicron è molto più contagiosa delle precedenti, ma sembrerebbe interessare soprattutto le alte vie respiratorie, colpendo meno i polmoni e abbassando il rischio di un danno grave per il nostro organismo - spiega Ariela Benigni, Segretario Scientifico del Mario Negri e Coordinatore delle ricerche di Bergamo e Ranica -. La raccomandazione però è sempre quella di continuare con l’utilizzo delle protezioni individuali e con il rispetto delle norme igieniche, ma soprattutto proseguire la campagna vaccinale con terze dosi e prime dosi per coloro che ancora non si sono sottoposti al vaccino”.

“La sorveglianza genetica che stiamo attuando in collaborazione con il Laboratorio Analisi dell’ASST Bergamo Est è fondamentale per avere un quadro preciso dell’evoluzione dell’epidemia nella nostra provincia e oggi ci ha permesso di riscontrare la prevalenza di Omicron su Delta – afferma Giuseppe Remuzzi, direttore dell’Istituto Mario Negri –. Al momento abbiamo in corso due pandemie che stanno causando gravi problemi, ma se Omicron dovesse prevalere definitivamente su Delta, la curva potrebbe scendere nelle settimane successive. Omicron potrebbe essere meno pericolosa ma può comunque essere letale: resta prioritaria la vaccinazione, completa di terza dose, che protegge dalla malattia grave anche con questa variante. Purtroppo il numero di non vaccinati è ancora alto: se tutti avessero completato il ciclo non saremmo nella situazione drammatica in cui ci troviamo”.

"La circolazione di varianti che possono avere una maggiore trasmissibilità o eludere parzialmente la risposta immunitaria, che ha portato ad un inatteso aumento dei casi in paesi europei con alta copertura vaccinale, richiede un capillare tracciamento e sequenziamento dei casi.  Questo virus ci ha abituato a molte sorprese, anche in tempi rapidissimi – commenta Massimo Giupponi, direttore generale di ATS Bergamo - Il sequenziamento è uno strumento indispensabile che abbiamo a disposizione sul quale ulteriormente investire tempo e risorse. Dalla preziosa collaborazione tra ASST Bergamo Est e Mario Negri sono scaturite evidenze significative per il proseguo degli studi in materia. Continuiamo la nostra battaglia anche con l’arma delle vaccinazioni poiché l’impegno che ci viene richiesto è notevole e investe più fronti”. 

Per il dott. Francesco Locati, direttore generale ASST Bergamo Est “Con questa collaborazione ci poniamo l’obiettivo di procedere con la massima tempestività nell’individuazione e nel contenimento delle nuove varianti del virus. La sorveglianza genomica guida le decisioni di “sanità”,  comprendere la composizione genetica del virus e delle sue varianti offre informazioni su come aggiornare al meglio le linee guida e massimizzare l’allocazione delle risorse per lo sviluppo di vaccini e farmaci. Fornendo informazioni essenziali su come frenare la diffusione di nuove varianti, il sequenziamento genomico consente di avere un “upgrading” per capire l’evoluzione. Siamo orgogliosi di condividere con un importante centro come è l’Istituto Mario Negri, competenze, idee e progetti. Grazie al Prof. Giuseppe Remuzzi per questa collaborazione che migliora e completa la gamma di attività e servizi delle quali l’ASST Bergamo Est si occupa".

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